Olhando para a página rsync
man, não vejo uma opção para o seu cenário. Mas o que dizer de adicionar o diretório manualmente antes de iniciar a sincronização, evitando assim o seu problema?
for x in my_folders*;
do
mkdir -p /foo2/bar2/new_dir/$x
rsync -adrv $x/foo/bar/ /foo2/bar2/new_dir/$x/
done