Em geral, os arquivos de configuração do usuário não se importam com sua arquitetura. Eu não sei de nenhuma exceção em qualquer aplicativo popular atual. Claro, eu não posso excluir algum programa estranho que armazena dados binários de forma diferente em x64 e amd64, mas eu não apostaria em você ter nenhum.
Você pode compartilhar arquivos de pontos entre diferentes distribuições; Não há nada específico sobre sua distribuição neles. O que pode ser problemático, às vezes, é compartilhar arquivos de ponto entre diferentes versões de um programa. No entanto, é quase sempre o caso de seus arquivos de ponto continuarem funcionando enquanto você está avançando - substituindo um programa por uma versão posterior desse programa. É só voltar a falhar, e então o que vai acontecer é que a versão mais antiga pode ignorar completamente suas configurações, ou até mesmo falhar ao iniciar até que você as mova para fora do caminho. Não existem muitos programas com problemas, mas existem programas populares que apresentam problemas, como o Firefox.