Esse é um comportamento normal. Esse comportamento faz parte do sistema que tenta economizar energia, ajustando constantemente a velocidade da CPU do sistema.
Dê uma olhada na minha resposta sobre este outro Q & Q & A intitulado: Como funciona a frequência da CPU em conky? .
Informações da CPU do Conky 
Oqueestáacontecendo?
Esserecursoéchamadodegovernadoreosistematemváriosperfisdeenergiaqueelepodeseguir.Vocêprovavelmenteestáusandoo"powersave" que tentará reduzir a velocidade do seu processador para um valor menor quando não houver carga no seu sistema. Pode parecer irritante, mas na verdade é uma coisa boa, é economizar uma boa quantidade de energia ao executar o Linux em um laptop.
Mesmo em desktops que estão mais ociosos, ele pode economizar bastante energia durante a vida útil do seu sistema, especialmente se você costuma deixá-lo na maior parte do tempo.
trecho
CPU frequency scaling is implemented in Linux kernel, the infrastructure is called cpufreq. Since kernel 3.4 the necessary modules are loaded automatically and the recommended ondemand governor is enabled by default. However, userspace tools like cpupower, acpid, Laptop Mode Tools, or GUI tools provided for your desktop environment, may still be used for advanced configuration.
Fonte: ArchLinux Wiki - Escala de Frequência da CPU
Quais governadores estão disponíveis?
Governor Description
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ondemand Dynamically switch between CPU(s) available if at 95%
cpu load
performance Run the cpu at max frequency
conservative Dynamically switch between CPU(s) available if at 75% load
powersave Run the cpu at the minimum frequency
userspace Run the cpu at user specified frequencies