Para responder à primeira pergunta: Sim
Mas de qualquer forma, deve ser fácil gerar uma entrada de backup em seu gerenciador de inicialização (com o initrd original e o kernel funcional), caso algo dê errado.
Para responder ao segundo - você pode usar
$ lsmod
Module Size Used by
...
Em seus sistemas em execução para ver, se ata_generic é carregado e se é, quais módulos dependem dele (veja a coluna usada por .