O problema é a configuração de recursos para geometria:
xterm*geometry: 90x30
Isso se aplica à janela do VT100 e aos menus - usando diferentes unidades de medida. Para o VT100, são caracteres , mas para o menu é pixels . Pixels são muito menores que (a maioria) caracteres.
Você provavelmente quis dizer isso:
xterm*VT100.geometry: 90x30
Outras leituras: Por que os menus são minúsculos? ( FAQ do xterm)