O Firefox armazena o tamanho da última janela no perfil. No Iceweasel 38, o arquivo relevante é xulstore.json (o tamanho também é registrado em outros arquivos, mas é o que importa ao lançar o Firefox, a menos que você esteja usando uma extensão de gerenciador de sessão).
Normalmente, você terá o mesmo tamanho de janela da última execução. Se você precisar modificar isso, edite xulstore.json . A configuração é
"chrome://browser/content/browser.xul" → "main-window" → "width" , "height" .