Com base no seu exemplo simples acima, isso deve funcionar. Ele falhará se for possível que quaisquer dados da primeira coluna possam acabar em qualquer outra coluna ou se houver algum espaço nos dados.
Usando o bash e o GNU grep.
grep -v -Ff <(cut -d',' -f 1 file1.csv) file2.csv > file3.csv
Explicação
-
-v
correspondência invertida -
-Ff
usa um arquivo para uma fonte de padrões -
<(cut -d',' -f 1 file1.csv)
obtém a primeira coluna de dados e usa-a como nosso "arquivo".