Se você mexeu em seu diretório pessoal, você precisou do root para acessar o diretório / home que o contém. Possivelmente sua casa agora contém algumas coisas pertencentes a algo diferente de você, que o sudo obvia.
Uma abordagem agressiva pode ser sudo chown -R myname:users ~myname
Uma pessoa mais cautelosa pode fazer find ~myname \! -user myname
para procurar por essas coisas e depois corrigi-las.
Os programas que dizem "já em execução" tendem a ser arquivos pid que não são limpos, ou soquetes de domínio Unix deixados sobre.