Como Sukminder aponta, ele é armazenado no gconf, aqui está minha solução atual,
por exemplo, para definir o docky para mostrar à esquerda, ocultar automaticamente e sem modo de painel:
gconftool-2 -s /apps/docky-2/Docky/Interface/DockPreferences/Dock1/Position -t string "Left"
gconftool-2 -s /apps/docky-2/Docky/Interface/DockPreferences/Dock1/Autohide -t string "Autohide"
gconftool-2 -s /apps/docky-2/Docky/Interface/DockPreferences/Dock1/PanelMode -t bool false