O Eclipse e o Gnome não são muito relacionados. O Gnome é seu Desktop Environment e o Eclipse IDE é apenas um aplicativo baseado em GUI - ele será executado em qualquer gerenciador de janelas, contanto que todas as bibliotecas estejam no lugar .
Para um desktop muito leve, mas fácil de usar, você pode dar uma olhada no Fluxbox . É pequeno e rápido e deve ser suficiente para as suas necessidades. Outras opções possíveis são, e. XFCE e LXDE .