Eu tive problemas semelhantes com o NetworkManager em AwesomeWM (sic!) (em um sistema Ubuntu 11.10).
Depois de consertar outras coisas relacionadas a permissões, notei que o applet NM também precisa de uma sessão do ConsoleKit.
Para verificar se este também é seu problema, você pode iniciar o applet NM assim:
$ ck-launch-session nm-applet
(para fins de teste, você pode iniciá-lo a partir de um xterm)