Você teria que alterar cada uma das aplicações para não 'apenas' abrir com nemo
com o diretório como um argumento, mas com o arquivo.
O Nemo já suporta isso e você pode testar facilmente a partir de um terminal com:
touch /var/tmp/xxx.txt
nemo /var/tmp/xxx.txt
isso abre uma exibição em /var/tmp
com xxx.txt
selecionado (testado com nemo
versão 2.0.8)