Por que não autenticar aqueles usuários para os quais você só tem um hash SHA-1 sem sal de sua senha por outro meio que não seja /etc/shadow .
Usando o PAM, você pode ter quantos módulos de autenticação desejar e empilhá-los como quiser. Você pode manter pam_unix.so para alguns usuários e usar pam_ldap.so para o restante.