Sim, mas exatamente como depende de qual shell você está usando.
No caso de bash , edite ~/.bashrc e adicione uma linha dizendo xmodmap ~/.Xmodmap
Se você ainda não tem um ~/.bashrc , crie um e inicie-o com
#!/bin/bash
if [ -f /etc/bash.bashrc ] ; then
. /etc/bash.bashrc
fi
xmodmap ~/.Xmodmap
Se você estiver usando um shell de login diferente, como tcsh ou dash ou zsh , precisará verificar a manpage para ver quais arquivos ele lê e executa na inicialização e adicionar o comando lá. Se não tiver certeza de qual shell de login você está usando, a variável de ambiente SHELL deve ter sido definida e você pode verificar isso com echo $SHELL .
EDIT: Meu mal. ~/.xsession é o arquivo correto para adicionar isso.