Isso soa como um trabalho para um sistema de controle de acesso obrigatório como Selinux ou AppArmor .
Este artigo sobre o SELinux lhe dará uma idéia de como esses sistemas podem ser poderosos e as ferramentas que você precisa para desenvolver essas políticas.
Cuidado, o seu desejo de restringir o acesso a todos os arquivos é susceptível de se voltar contra você. No Unix, "tudo é um arquivo", portanto, impedir totalmente o acesso a todos os arquivos impedirá que seu programa seja iniciado. Uma abordagem mais produtiva provavelmente restringirá a gravação de arquivos, seja inteiramente ou apenas a um diretório específico, e à lista de permissões de categorias de arquivos que o programa pode legitimamente ler.
Outra opção é usar chroot ou cadeias . Com esses recursos do SO, em vez de impedir a execução de I / O de arquivos ou de programas, você simplesmente criaria um ambiente restrito onde não houvesse nada sensível para o seu programa não confiável ler, escrever ou executar. Seu programa só poderia operar nos arquivos que você coloca na "caixa" com ele.