Com o hyper-threading com aplicativos de thread único, se você tiver dois deles executando, você verá um aumento na velocidade. Hyperthreading significa que a CPU começa a processar um segundo thread (seja dois threads de um aplicativo multiencadeado ou dois aplicativos single threaded) antes do primeiro thread terminar o que estava fazendo. Desativar isso efetivamente significa que você reduziu sua capacidade de CPU pela metade (mas não realmente, o HT aumentará em cerca de 30%, mas eu estou falando sobre o que o top te diz), e é por isso que um thread agora é 50% em top
em vez de 25%.
This doesn't mean, however, that the vast majority of today's applications won't see gains from Hyper-Threading. Even single-threaded apps can reap performance benefits from Hyper-Threading, as long as more than one app is running at the same time (in other words, multitasking). While one application is sending its streams (threads) to one logical processor, a second application is simultaneously sending its streams to the second logical processor. However, if you run only one single-threaded application, you won't see performance gains with Hyper-Threading. In fact, because of the overhead associated with managing the two logical processors of Hyper-Threading, it's even possible to see some performance degradation when running only a single-threaded app.
Com um sistema UNIX inicializado, você está executando pelo menos o kernel, o init e um shell. Você é sempre multitarefa. De todas as formas práticas, o HT sempre irá beneficiá-lo.