Você pode fazer uma lista dos pacotes cujos arquivos include estão ausentes usando o recurso "verify" de rpm
.
Algo parecido com isto:
#!/bin/sh
rpm -qa|while read name
do
include=$(rpm -ql "$name" |grep -E '^/usr/include/' |wc -l)
[ $include = 0 ] && continue
missing=$(rpm -V "$name" |grep -E '^missing[[:space:]]+/usr/include/' |wc -l)
[ $missing = 0 ] && continue
printf '# missing %d of %d %s\n' $include $missing $name
printf "sudo dnf -y reinstall %s\n" $name
done
Imprime um script com comentários indicando o número de arquivos ausentes, bem como comandos para reinstalar os pacotes quebrados. Aqui está um exemplo:
# missing 1 of 1 libXcomposite-devel-0.4.4-7.fc23.x86_64
sudo dnf -y reinstall libXcomposite-devel-0.4.4-7.fc23.x86_64