Eu não acho que colocá-lo na parte inferior do seu rcfile faria muito bem - todo o estado que você declarou anteriormente seria apagado quando script
carregou um novo shell até ele tentar para carregar o rcfile e etc e etc para sempre. Acabei de fazer funcionar no meu terminal como:
$ x=;bash --rcfile /dev/fd/3 3<<\$x
export S_LOG=~/".log/$(date --iso-8601=second).log"
exec script -aeqfc "bash --rcfile /dev/fd/3 -i" "$S_LOG" \
3<<""
alias success='echo it worked'
PS1='script $ '
exec 3<&-
$x
script $ success
it worked
script $ cat "$S_LOG"
Script started on Mon Dec 14 15:43:28 2015
script $ success
it worked
script $ cat "$S_LOG"
script $
E por isso acho que seria melhor localizá-lo na cabeça do seu ficheiro rc e, em seguida, exec
uma nova shell para ler o resto após o ponto que você chama de novo shell.