Este guia do site do Clonezilla mostra como fazer execuções autônomas .
trecho
By modifying the boot parameters in
syslinux/syslinux.cfg
(for live USB) orisolinux/isolinux.cfg
(for CD), you can preseed most of the options so that Clonezilla live can do the job for you with less interactive steps, or it's possible to make it run in an unattended mode.
Veja este URL para as etapas totalmente detalhadas.