O df está reportando um pequeno número porque você está excluindo diretórios, que são relativamente pequenos. Além disso, dependendo do sistema de arquivos, as mudanças nos diretórios e as alterações no número de links para um arquivo são registradas em diário e / ou sincronizadas no disco imediatamente, pois são críticas para a recuperação de falhas e, portanto, mais lentas.
Isso é realmente uma prova da eficiência do seu link!