:%s/\(\.\d\{5\}\) / /
Isso pode fazer o que você quiser.
Explicação
Com \(\.\d{5\}\)
, capturamos a primeira ocorrência de pontos ( \.
) e cinco dígitos ( \d\{5\}
). Além disso, verificamos que há exatamente cinco deles, deixando o espaço após o grupo de captura.
Na segunda parte da substituição, estamos usando para obter acesso ao primeiro (e uma vez) grupo de captura, colocar
0
após ele e colocar um espaço no final, porque o espaço foi correspondido por regexp, mas não transferido para a segunda parte.
Um pouco sobre os grupos de captura: é exatamente «grupo de captura número um e zero depois dele». Assim, você pode ter acesso a apenas oito grupos.