Não sei os detalhes da sua configuração, mas sugiro que você verifique se os clientes do Thunderbird estão configurados corretamente antes de começar a solucionar problemas do servidor IMAP. Em particular, você deve se certificar de que:
Edit
-> Account Settings
-> Synchronization & Storage
-> Message Synchronizing -> Advanced
Você tem todas as suas pastas marcadas como "Sincronizadas". Você também pode ver a configuração por pasta quando clica com o botão direito do mouse na pasta e seleciona:
Properties
-> Synchronization
Você pode precisar executar a Pasta de reparo na guia General Information
, caso a pasta esteja inconsistente com o servidor.