Eu posso comentar a caixa de diálogo "O aplicativo não está respondendo" do Gnome, mas não responder diretamente à sua pergunta.
Parece que tanto o Metacity quanto o Mutter usam a função meta_display_ping_window () para determinar a status de uma janela (leia o comentário do documento em display.c ).
O tempo limite padrão PING_TIMEOUT_DELAY é 5 s. Ping-timeout e resposta são tratados internamente pelo gerenciador de janelas e, de relance, não vejo um método simples para assistir a essa festa de pingue-pongue do lado de fora.