Não sei qual é a sua pergunta principal, mas você tem várias opções.
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Use dd para fazer backup de seu sistema de arquivos atual para uma unidade externa ou uma imagem iso (que você pode montar posteriormente como um CD e extrair o material necessário)
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Ou use o rsync para copiar os diretórios que você mencionou
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O outro valor é apenas obter seus dados dos principais aplicativos de que você precisa. Por exemplo, mysql - use mysqldump para extrair todo o seu banco de dados para arquivos. Então você pode simplesmente instalar o mysql limpo e novo no dispositivo de destino e importar os arquivos mysqldump.
Para o svn, descubra onde seus repositórios realmente vivem e salve os repositórios. Eu não uso o svn há anos, mas acho que você pode fazer algo como "svnadmin dump repositorypath | gzip > repo.zip"
Se você souber quais dados são necessários, a opção 3 poderá ser o espaço de armazenamento mais fácil, rápido e mínimo. Certifique-se de capturar o arquivo / etc. Revise os arquivos conf (ou seja, /etc/my.conf) e siga outros arquivos de configuração dependentes e faça backup deles apenas por precaução.