Parece que sua rolagem "rápida" está excedendo o delta de rolagem.
De qualquer forma, eu também tenho um Magic Trackpad no Ubuntu 12. Eu simplesmente troquei os botões do ZAxisMapping para obter rolagem natural.
Instruções detalhadas no Wiki do Ubuntu .
TL; DR:
Use xev
para encontrar os botões "deslizar para cima" e "deslizar para baixo" para o seu trackpad. Coloque-os na ordem inversa em xorg.conf
.