O Kbdmux combina dois teclados para um, trocando os dispositivos originais para retornar apenas scancodes e traduzindo-os através de apenas um mapa de teclado. Ao usar o Xorg, o próprio kbdmux é alterado para retornar os scancodes com o Xorg fazendo a tradução. O problema é claro que o Xorg só vê um teclado conectado. Então, acho que sua ideia é de fato a única solução possível. Você tem que desabilitar o kbdmux e conectar os teclados reais como instâncias individuais ao Xorg.