Minha experiência com 17.10 é que se você pegar o ícone da área de trabalho do painel direito do Nautilus e arrastá-lo para o painel de indicadores inferior, ele criará um marcador para ele lá. Você não consegue criar um marcador na área de favoritos superior.
Eu armazeno todos os meus dados em uma pasta do Dropbox. Por isso, apaguei as pastas incorporadas, como Documentos e Vídeos, porque elas não continham nada. Seus ícones continuaram a permanecer na área de marcadores superiores, e a função secundária "Remover" foi desativada. No entanto, depois que eu reiniciei, o sistema parecia estar ciente de que os ícones para documentos etc. estavam apontando para pastas que não existiam mais. Depois de uma reinicialização, a função "Remover" funcionou.