Você provavelmente está sendo mordido pelo thermald. Aqui está uma cópia de um post que fiz sobre o assunto relacionado ao linux mint 18: "Se você tem um PC de alto desempenho e / ou jogos, você realmente precisa definir a temperatura padrão usada pelo Thermal Daemon para algo maior que 55C. O exemplo de temperatura no arquivo de configuração é 75C, mas alguma alma brilhante decidiu que o padrão para todos os PCs deve ser uma temperatura de 55C.Quando processar vídeos com Handbrake eu posso bater 89C com todos os 8 segmentos a 100 %.Quando você chegar 55C thermald começa a estrangular seu PC, o que significa que vai levar muito mais tempo para fazer qualquer coisa.Quanto mais você fica mais agressivo, o método que ele usa para atrasá-lo.Eu tive que, literalmente, fazer um hard lock up da minha área de trabalho tornou-se tão agressivo. O arquivo de configuração está em /etc/thermald/thermal-conf.xml. Procure pela primeira linha. Altere 55000 (55C) para algo maior como 75000 (75C). 75C é o padrão na seção de exemplo do arquivo de configuração. pessoalmente defini-lo para 90000 (90C). Em todos os meus dias como um usuário de computador e representante aviador eu nunca vi um cpu ser danificado pelo calor. Basicamente a 100C seu cpu trava (no Windows você tem uma tela azul). A menos que você faça overclock, não vejo a necessidade do thermald. No entanto, desinstalá-lo não corrige o problema, pois seu kernel parece ter um módulo interno para fazer a mesma coisa. Aumentar a temperatura padrão é o melhor curso se você quiser que seu PC opere com o melhor desempenho.
Eu atualizei meu cpu de laptop de um i7-4810mq para um cpu de edição extrema i7-4940mx que opera a 3.1ghz normal e 3.8ghz quad turbo. Antes de alterar o temp padrão minha máquina iria turbinar a 3.2ghz e 3.6ghz tops. Depois de alterar o temp padrão, ele agora maximiza o turbo de 3.8ghz. "