Eu apenas olhei para o código fonte do FreeBSD para a versão não-port do ntpd, o FreeBSD ntpd é a versão ntp.org. Há um openntpd nas portas embora. Parece que o NetBSD tem um pacote para o ntpd e o openntpd.
Não vejo nenhum motivo pelo qual você não possa executar o OpenNTPd em nenhuma distribuição Linux. Pode fazer sentido, considerando o licenciamento estranho que existe no atual ntp.org ntpd (que é principalmente BSD, com um toque de MIT, GPL e licenças públicas).