Se você executar um único comando ( pwd no seu caso) através de ssh , ele não é um shell interativo, portanto, o comportamento está correto, na minha opinião.
Você deve definir seu PATH em ~/.profile ou ~/.bash_profile , não em ~/.bashrc .
Como encontrado em bash(1) página de manual:
PARAMETERS
(...)
Special Parameters
The shell treats several parameters specially. These parameters may
only be referenced; assignment to them is not allowed.
(...)
- Expands to the current option flags as specified upon invoca-
tion, by the set builtin command, or those set by the shell
itself (such as the -i option).
Portanto, i contido em $- significa que a opção -i foi usada (ou configurada automaticamente pelo shell, sendo interativa).