O conteúdo do arquivo será o mesmo. Metadados sobre o arquivo - hora da modificação, número do inode, permissões e assim por diante - podem mudar, dependendo exatamente de como você fez a cópia. Este material é armazenado no sistema de arquivos separadamente dos dados do arquivo em si. E o espaço real consumido pode mudar devido a diferentes quantidades de sobrecarga. Mas os conteúdos são os mesmos, exceto quando houve algum tipo de erro na transferência.
Isso deve ser verdade se você estiver copiando o arquivo entre dispositivos ou usando alguma ferramenta para converter seu sistema de arquivos no lugar. Se o arquivo não acabar da mesma forma, é porque algo deu muito errado.
O comando cmp pode comparar dois arquivos byte por byte para verificar isso. Você também pode usar um programa de soma de verificação como shasum e comparar as somas de verificação. (Isso não é byte por byte, mas as chances de uma colisão em que dois arquivos dão o mesmo resultado quando são realmente diferentes são muito menores do que a chance de uma falha real de hardware causar cmp para dar o resultado errado.)