Você pode usar o utilitário bedup para desduplicar os arquivos idênticos. Depois de instalado, o uso é bastante simples:
# bedup dedup /path/to/btrfs
Pode ser necessário definir seus instantâneos como graváveis ( btrfs property set -ts /path/to/snapshot ro false
) para que eles possam ser duplicados. Você pode alterá-los de volta depois.
Note que dependendo de quantos arquivos você tem, pode demorar um pouco (primeiro ele procura por arquivos do mesmo tamanho, então compara esses arquivos ... então se você tem um monte de arquivos grandes do mesmo tamanho, isso pode demorar um pouco.)
Por fim, você pode executá-lo novamente de tempos em tempos e as execuções futuras serão muito mais rápidas, pois acompanhará a geração do btrfs e usará isso para ignorar arquivos antigos.