O último item desta linha
more "file.txt" | awk '$2=='$domain' {print $1, "1.0"} $2!='$domain' {print $1,"-1.0"}' >"$number_domain.txt"
provavelmente deve ser
>"${number}_${domain}.txt"
correspondente às duas variáveis que seu script lê. Seria bom se o seu script também garantisse que as variáveis não fossem sequências vazias. Se eles estiverem vazios, então o script awk irá se comportar mal.