Você precisa aprender a escrever scripts bash. Estes são os equivalentes do Linux dos arquivos em lote do Windows. A sintaxe não é muito difícil de entender. Eu sugiro googling, pois há muitos ótimos tutoriais de livre acesso.
Sugiro Programação BASH - Introdução HOW-TO
Observe que você precisará alterar seus caminhos no estilo do Windows para o estilo Linux. Por exemplo,
my_drive_letter:\my_folder\myfile
torna-se
/media/my_drive_label/my_folder/my_file