A maioria dos decks modernos são compatíveis com o EMWH. Você pode usar wmctrl para controlar essas e as janelas neles, por exemplo:
wmctrl -a <WIN>
para ativar uma janela mudando para sua área de trabalho e aumentando-a ( <WIN> pode ser várias coisas, por padrão, uma correspondência de seqüência de caracteres no título da janela, consulte a página wmctrl man).