Testado no Ubuntu 14.04
Esses marcadores são controlados por ~/.config/user-dirs.dirs e comentar as linhas configura a aparência da lista
Como exemplo, para remover o favorito "Vídeos" da lista, altere a linha:
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/Videos"
para
#XDG_VIDEOS_DIR="$HOME/Videos"
Nota:
Após o login, o arquivo ~/.config/user-dirs.dirs é revertido para o conjunto original por /etc/xdg/user-dirs.defaults . Para evitar isso, torne o arquivo "somente leitura" clicando com o botão direito do mouse e depois em propriedades > permissões ou usando o comando
chmod -w ~/.config/user-dirs.dirs
Se você precisar editar o arquivo novamente, faça o oposto via Nautilus ou use o comando
chmod +w ~/.config/user-dirs.dirs
Se você quiser aplicar isso a todos os usuários em seu sistema, altere o arquivo vim /etc/xdg/user-dirs.conf e defina a opção enabled to False . Você precisa de permissões de root ou isso.