Mas e se você quiser alterar o aplicativo preferido do terminal?
Tente isto
Você pode usar o programa xdg-mime para verificar primeiro qual é o aplicativo padrão atual que abrirá um arquivo e, em seguida, poderá alterná-lo para qualquer aplicativo que desejar.
$ xdg-mime query default application/pdf
AdobeReader.desktop
$ xdg-mime default evince.desktop application/pdf
$ xdg-mime query default application/pdf
evince.desktop
Agora, como mencionado pelo jokerdino, você pode usar o xdg-open para abrir um arquivo com o seu aplicativo preferido:
$ xdg-open file.pdf