A resposta curta é não.
O modelo de segurança Unix é fundamentalmente projetado para isolar os dados de um usuário de outros usuários. Não foi projetado para confinar aplicativos. Todos os aplicativos que você executa têm os mesmos privilégios. Seu gerenciador de arquivos obviamente pode ler seus arquivos (esse é o ponto principal) e também tem acesso à rede (por exemplo, para montar unidades compartilhadas remotas). Outros aplicativos perforce têm os mesmos privilégios.
Na maioria das vezes, essa porosidade é desejada. Eu quero salvar um arquivo do meu cliente de e-mail e abri-lo no meu processador de texto. Eu quero copiar alguns dados do meu processador de texto para o meu navegador através da área de transferência. Eu quero que meu cliente de e-mail e navegador da web abram todos os tipos de programas externos para visualizar arquivos que eles não entendem nativamente. Eu quero que meu programa de macro desktop seja capaz de capturar todos os pressionamentos de tecla e injetar pressionamentos de tecla nos aplicativos. Eu quero que meu software de backup seja capaz de ler e gravar todos os meus arquivos.
Os sistemas Linux modernos possuem mecanismos de segurança adicionais que fornecem uma forma limitada de restrições de segurança em aplicativos. Mas eles são projetados principalmente para confinar os serviços do sistema que não interagem com muitos outros aplicativos locais.
Se você quiser isolar sua carteira Bitcoin de suas atividades normais, você precisa sacrificar um pouco de conveniência por segurança. O passo mais básico é armazenar sua carteira Bitcoin sob uma conta de usuário diferente. Dessa forma, os aplicativos que você usa apenas com sua conta normal não poderiam tocá-la.
Qualquer aplicativo que você usa com a conta Bitcoin faz parte de sua base confiável - a parte do sistema na qual você precisa confiar, pois é capaz de violar sua segurança. Isso inclui o kernel, vários daemons e programas do sistema, qualquer shell e gerenciador de arquivos que você execute como usuário Bitcoin, seja qual for o método usado para entrar na conta Bitcoin, todo o software Bitcoin, etc. Claro, a desvantagem disso é que vai tornar mais difícil usar sua carteira. Se você isolar sua carteira do contexto em que a utiliza, isso dificulta as transferências.
Uma vantagem do software de código aberto é que ele torna um backdoor que acessa sua carteira Bitcoin um pouco difícil de esconder. Você pode não sentir a necessidade de inspecionar o software pessoalmente, porque no geral muitas pessoas acessam o código-fonte para isso e aquilo. Isso é um acréscimo ao tráfego de rede que você ou outras pessoas podem detectar. Se houvesse um backdoor, há uma boa chance de ser detectado.