Eu tenho um arquivo como mostrado abaixo. A 9ª coluna tem valores unidos por **.
chrXV 234346 234546 snR81 + SNR81 chrXV 234357 0.0003015891774815342**0.131826816475 +
chrXV 234346 234546 snR81 + SNR81 chrXV 234385 0.0002208827994288481**0.0118547789578 +
chrXV 234346 234546 snR81 + SNR81 chrXV 234396 0.0001799579220002955**0.00583993781634 +
chrXV 234346 234546 snR81 + SNR81 chrXV 234410 0.003451057940295026**0.00352844797952 +
Eu quero ter uma saída onde eu possa ter os 2 valores como colunas sep. Como posso fazer isso no awk?
Esta é a saída que eu quero. Mostrando a primeira linha da saída:
chrXV 234346 234546 snR81 + SNR81 chrXV 234357 0.0003015891774815342 0.131826816475 +
Nenhuma ideia do motivo pelo qual as pessoas estão usando o cat para enviar o arquivo para o awk, e a resposta tr apenas converte um caractere em outro, portanto, qualquer * é convertido em space .
Solução simples de awk
awk -F"**" '$1=$1' OFS="\t" file
Para tabulação entre todos os campos
awk 'sub(/\*\*/," "){$1=$1}1' OFS="\t" file
E mais um
awk 'gsub(/(*| )+/,"\t")' file
Comando Sed
sed 's/[* ]\+/\t/g' file
comando tr
tr -s '* ' '\t' < file
Tem que ser estranho? Por que não cat file | tr '**' ' ' Apenas substituindo os ** com três espaços
cat text.txt |awk '{ split($9,a , "**"); printf("%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\t%s\n",$1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8, a[1], a[2],$10); }'
A saída é:
chrXV 234346 234546 snR81 + SNR81 chrXV 234357 0.0003015891774815342 0.131826816475 +
chrXV 234346 234546 snR81 + SNR81 chrXV 234385 0.0002208827994288481 0.0118547789578 +
chrXV 234346 234546 snR81 + SNR81 chrXV 234396 0.0001799579220002955 0.00583993781634 +
chrXV 234346 234546 snR81 + SNR81 chrXV 234410 0.003451057940295026 0.00352844797952 +
A substituição de uma substring por outra é claramente um trabalho para sed. Se você quiser no awk, eu suponho que você queira fazer algum processamento adicional pelo awk. Para fazer isso, você deve usar apenas o separador de campo regex:
awk -F'(**| )' '{.you code here.; print $10}'
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