Desde "quando inicializado" significa que o sistema operacional que precisa fazer alterações e gravar no disco, também está sendo executado a partir do mesmo disco, tem um maior potencial para problemas / desastres se algo der errado .
Seguindo a Lei de Murphy, "Qualquer coisa que possa dar errado, será", você é o mais seguro para executar a operação isolada do sistema operacional.
Minha sugestão seria usar o disco de inicialização do sistema (instalação) ou um "Live CD" genérico.
E pelo que vale a pena, particionei e particionei partições da mesma maneira que você está descrevendo sem nunca ter um problema, apenas o outro lado que eu poderia ter sido incrivelmente sortudo todas essas vezes.