Normalmente, esses comandos não devem ser chamados diretamente pelo usuário. /usr/libexec costumava ser mais comum para isso.
Recentemente, eu estava tentando instalar o Go e me atrapalhei com o fato de que o pacote que eu estava usando coloca os binários em /usr/lib/go-1.9/bin/ .
Eu olhei isso um pouco mais e descobri * que existem 212 pacotes disponíveis para mim que colocam algo em /usr/lib/*/bin/ . Por que os pacotes colocariam binários aqui e não em /usr/bin ?
* via apt-file search -xl '/usr/lib/[^/]*/bin/' | wc -l
Normalmente, esses comandos não devem ser chamados diretamente pelo usuário. /usr/libexec costumava ser mais comum para isso.