awk / sed / bash / Python / Perl / Ruby e a maioria das outras ferramentas / linguagens de programação podem manipular arquivos. A melhor maneira é a maneira como você está familiarizado e confortável. Se você não sabe nada sobre sed, procure e aprenda sobre isso. Caso contrário, se você tem uma linguagem de programação que você sabe, apenas faça isso. Aqui está um exemplo de script
exec 6<"file"
while read -r line <&6
do
case "$line" in
*pattern* )
line="${line//word/replace}"
esac
echo "$line"
done > "out"
exec 6<&-
mv out file
exemplo de sed
sed 's/word/replace/g' file
exemplo do awk
awk '{gsub(/word/,"replace")}1' file > t && mv t file
Exemplo de Python (use 'with' para versões posteriores)
for line in open("file"):
if "pattern" in line:
line=line.replace("pattern","replace")
print line