Você pode usar o seguinte script:
#!/bin/sh
GDZIE=$PWD
for dir in /bin /sbin /lib /usr /etc /opt /var; do
echo '#!/bin/sh'>"${GDZIE}${dir}.sh"
find "$dir" -printf "chown %u:%g %p && chmod %m %p\n" >>"${GDZIE}${dir}.sh"
done
chmod +x "$GDZIE"/*.sh
Execute-o em um sistema saudável primeiro. Ele produzirá alguns scripts com todos os arquivos existentes nesse sistema e também salvará suas permissões. Então você só precisa rodar os scripts no sistema danificado.
Não sei ao certo o que é melhor - uma reinstalação completa desse sistema ou desta solução. Mas se você quiser evitar esse tipo de situação, salve o script e, quando tiver concluído a instalação de um novo sistema, faça o backup, apenas por precaução. :)