O sistema de gerenciamento de pacotes do Fedora se destina a tratar seu sistema como composto de um conjunto consistente de RPMs. Se você for fora disso, não há uma maneira realmente boa de lidar com isso. Você tentou contornar isso excluindo o pacote, mas isso pode causar outros problemas (e se um pacote diferente realmente exigir essa versão do sistema do NPM, por exemplo).
Então, em vez disso, sugiro isso:
Instale seu próprio NPM em /usr/local/
, /opt
ou /home/lynob/whatever
. Ajuste seus caminhos e scripts para usar isso para suas próprias coisas. Ignore o sistema npm completamente; ou não o instale, ou então, se instalado, não o use para o software para o qual você quer a versão upstream.