scp transfere arquivos pelo SSH, que possui autenticidade criptográfica & verificação de integridade. Isso basicamente exclui a possibilidade de WLAN ruim.
Memória ruim é razoavelmente provável. Note que a memória ruim frequentemente começa ruim, normalmente não fica velha. Instalar e executar o memtest86 / metest86 + confirmará isso ou, na maioria das vezes, descartará. (Para descartá-lo, você quer deixar o teste em execução por um tempo, pelo menos durante a noite). Se encontrar um erro, você não precisa mantê-lo em execução, pode parar imediatamente e continuar a substituir os DIMMs.
O disco corrompido também é possível. Da mesma forma, você pode ter um cabeamento ruim no disco, ou um controlador defeituoso, etc.
Outras possibilidades são bugs do sistema de arquivos (improvável se você estiver usando algo comum como ext4), malware (felizmente bastante incomum no Linux), mas isso é provavelmente um problema de hardware.