Se o seu arquivo for muito pequeno, isso pode funcionar:
#!/bin/bash
for n in {1..40}
do
sed -i $n's/raj/ram'$n'/' file
done
Ele itera o arquivo 40 vezes e sempre substitui apenas 1 linha. Se você quer incrementar um contador não pelo número da linha, mas pelo número de linhas que você mudou, você tem que fazer diferente, com 2 variáveis, mas o comando sed seria similar - n não seria definido pelo loop .
sed -i altera o arquivo no lugar, então se você quiser manter o original, você tem que fazer uma cópia primeiro.
Isso pode ser feito em um oneliner, se você preferir:
for n in {1..40}; do sed -i $n's/raj/ram '$n'/' file ; done
Também é possível escolher o tamanho correto em vez de 40 automaticamente.