Se eu entendi corretamente que o comando deve funcionar (se não houver '(' e '.' no nome do arquivo)
data=$(echo $file | cut -d"." -f1 | tr -d "(")
Divida-os em duas variáveis:
filename=$(echo $file | cut -d"(" -f1)
number=$(echo $file | cut -d"(" -f2 | cut -d"." -f1)