Isso é uma verificação de integridade , para garantir que o script de configuração esteja correto capaz de determinar se um arquivo de cabeçalho está presente ou não: ele pede ao compilador para usar um cabeçalho inexistente e verifica se o compilador (corretamente) falha.
Observe que sua compilação continua após esse "erro" ... Para descobrir a causa de uma falha de compilação, geralmente você deve trabalhar a partir do final do log de compilação. Neste caso, a parte importante do log é
configure:47489: checking for the Wayland protocols
configure:47492: $PKG_CONFIG --exists --print-errors "wayland-protocols >= 1.4"
Package wayland-protocols was not found in the pkg-config search path.
Perhaps you should add the directory containing 'wayland-protocols.pc' to the PKG_CONFIG_PATH environment variable
No package 'wayland-protocols' found