Você pode usar apt-mark
para isso. De sua página de manual:
auto
auto is used to mark a package as being automatically installed, which will cause
the package to be removed when no more manually installed packages depend on this
package.
manual
manual is used to mark a package as being manually installed, which will prevent the
package from being automatically removed if no other packages depend on it.
No seu caso, você deve marcá-lo como manual
. Use um comando como este:
apt-mark manual <package-name>