Desde a versão 4.8, algo assim faz parte do i3 e há um guia detalhado no site, mas aqui está uma versão curta:
Depois de configurar um espaço de trabalho como você deseja, salve seu layout com
i3-save-tree --workspace <whichever workspace you want> > ~/.i3/layout-ws-<xyz>.json
no arquivo ~/.i3/layout-ws-xyz.json
. Você precisará editar esse arquivo para ativar os critérios que correspondem às janelas no layout.
Depois disso, você pode restaurar esse layout com
i3-msg "workspace <your workspace>; append_layout ~/.i3/layout-ws--<xyz>.json"
Isso abrirá as janelas de espaço reservado nesse espaço de trabalho e quando uma janela correspondente aos critérios ativados no arquivo de layout for exibida, ela será colocada na janela do espaço reservado correspondente.